El Departamento de Microneurocirugía fue creado desde el año 1986, estuvo funcionando en los ambientes de la sala San Miguel y Corazón de Jesús hasta el año 1988, fecha en donde se le asignó la sala El Rosario, bajo la Jefatura del M.C. Jorge Urquiaga Caballero y asistencia del M.C. Jorge Núñez Manrique. En aquella época ya se realizaban cirugías de alta complejidad.

Microneurocirugía  evalúa a pacientes con problemas que afectan al sistema nervioso, aplicando para ello técnicas microquirúrgicas y/o endoscópicas, en especial patologías neurovasculares: aneurismas, malformaciones arteriovenosas, fístulas dúrales, cavernomas, entre otos, Otras intervenciones que realizan involucran tumores tanto malignos (gliomas) como benignos (meningiomas, macroadenomas, hipofisiarios y tumores del ángulo pontocerebelosos), así como por infecciones parasitarias (extracción de quistes y fenestración del tercer ventrículo para el control de hidrocefalia).